棋圣一生有三段婚姻。 第一位妻子是著名围棋八段孔祥明（1985年定为八段），后赴日留学。和聂卫平育有一子，孔令文（1980），目前日本职业七段。 第二位是著名女高音歌手王静（王刚妹妹），两人孩子叫聂云青（1990），半职业围棋选手，管理聂卫平道场棋院等运营。 第三位是贵州女生兰莉娅，聂老师粉丝。育有女儿聂云菲（2001）。 棋圣风流倜傥，但也是个负责任的男人。目前公开资料看，聂云青和聂云菲兄妹颇为亲近。