太平军攻克江宁之后，杨秀清下令，灭满城。 咸丰三年三月十九日，太平军攻破江宁（南京）外城，次日集中兵力攻打东北隅的满城。江宁将军祥厚率旗兵及家属登城固守，满族妇女亦参与搬运守城物资，旗营还封闭了与汉民区的界墙闸门。太平军以火炮轰开西华门后展开巷战，祥厚兵败自刎，其家眷或投井或自缢。驻防旗兵及家属共计约31735人，最终仅400余名旗兵突围幸存，其余约31300名旗人（含家属）全部被杀，部分未死者被驱至朝阳门围杀，河水被染成赤色。 继江宁之后，咸丰二年十一月，太平军水陆并进兵临武昌。武昌满城位于城北长江之畔，驻防旗兵及家属共计约2万余人。太平军先破外城，巡抚常大淳自尽，随后集中火力轰击满城武胜门，城墙坍塌后展开肉搏战。杨秀清下令“官兵不留”，旗兵顽强抵抗至最后一刻，满城旗人几乎被屠戮殆尽，约1.8万人被杀，仅少数剃发换衣混入难民中逃脱；部分旗人举家投井、自缢，城内湖塘尸满为患。 咸丰三年，太平军在攻克江宁后不久，挥师东进直指镇江（京口）。镇江满城经鸦片战争损耗，旗兵及家属已缩减至约1500人，6任副都统先后战死，旗营陷入绝境后被攻破。旗人几乎全被消灭，满城兵房损毁殆尽，仅余少量旗人四散逃亡。 咸丰十年五月，李秀成率太平军东征，连克丹阳、常州后包围苏州。江苏巡抚徐有壬下令纵火后出逃，太平军于六月初二攻破苏州城，随即进攻城内满城。苏州驻防旗人及家属约800人，旗兵抵抗溃败后，约600名旗人被杀，200余名幸存者被迫改汉姓、入民籍；太平军在满城收缴武器后，对拒不归顺的旗人进行肃清，满城营房多被焚毁。 咸丰十一年十月，李秀成率军合围杭州，这场围城战持续两月之久。十二月二十九日，太平军破外城，巡抚王有龄自缢，次日攻破西湖之滨的满城，杭州将军瑞昌自杀殉国。杭州驻防旗人及家属共计约1万人，城破后旗人战死及自杀者达8000人以上，仅300余名幸存；城中多处出现旗人举家自焚现象，鱼池积尸至两岸持平，饿死者与被杀者不计其数。 上述史实反映的事件，本质是晚清冲突的极端爆发。满城作为清廷旗人驻防制度的物质载体，其覆灭标志着统治阶层赖以维系的军事支柱崩塌，这里，既有太平天国“复仇”口号的驱动，也有乱世之中人性的扭曲。为理解晚清社会结构的崩溃提供了重要史实参照。