到太平天国后期，因领导层内讧和不断军事失利而导致人心涣散，不断有人献城或率部投降，譬如忠王李秀成麾下颇有名气的悍将听王陈炳文、会王蔡元隆、曾被东王杨秀清认义为本家兄弟的卫王杨雄清，甚至李秀成的亲弟弟扬王李明成都先后降清了，其他较出名的叛将还有李能通、韦俊、陈国瑞、程学启、童容海、彭禹兰、古隆贤、陈仕明、吴建瀛、郜永宽、伍贵文等等，不胜枚举。

同治二年七月十二（1863年8月25日），积功被封奉王的广东“老弟兄”古隆贤在皖南率麾下7万人马向清军总兵朱品隆投降，这是太平军大规模、成建制投降的“巅峰”。古隆贤是参加过金田首义的天国老弟兄，久经考验的他也率众投降湘军，预示着太平天国大势已去。此后直到太平天国彻底覆灭，几乎每个月都有太平军将领率部或献城投降，几乎络绎不绝。

就在太平军将士不断投降的时候，那支作战勇猛却桀骜不驯、口碑不佳的杂牌太平军——源自广东天地会武装的花旗军表现又如何呢？据史料记载，在天国后期，花旗也有不少叛降的记录，譬如被封天将的花旗首领林正扬、丁太阳、谭富、黄宗保等都投降了清军，但此时天国风雨飘摇，人心散乱，相对而言，太平军嫡系部队将士投降的更多。嫡系尚且“大难临头各自飞”，不少老兄弟或投降、或携带细软一走了之，指责花旗“不忠于天朝”未免有些过于苛刻了。

花旗军虽然军纪很差、扰民甚剧，但反清意志不挠、作战骁勇也是有目共睹的，大多数花旗将领皆能死战到底：花旗名将陈荣率部坚守浙江安吉孝丰镇，死战不屈，城破后全军战死；另一员花旗将领周春随李世贤进攻镇江，却被老将冯子材击败，李世贤率部遁去后，周春仍率花旗奋死抵抗，最后所部被冯子材击溃。兵败后周春投水自杀，其族弟周社福带领其余部继续转战于南方各省，直到全军覆没，他本人被俘惨遭肢解。

这部分花旗军最后仅剩40多个部众辗转南逃回到广东原籍，在今天的广州白云区某村关帝庙内再次聚义，歃血盟誓绝不降清后各自散去，后来有投入天地会、三合会继续从事反清活动的，也有人带着周春遗孤投奔怒海，远赴南洋躲避追捕的，总之无一人降清......

花旗将领翟天凤自称平东王，这人也是条硬汉子，他不仅自己决不投降，而且牵制、震慑早有降意的听王陈炳文等意志不坚定者，使其不敢轻举妄动，直到翟天凤在一次战斗中失利被俘遇害，陈炳文、陶金会、张学明这三个太平军嫡系王侯这才如释重负，得以率部向湘军悍将鲍超缴械投降。

花旗源出天地会，天地会的宗旨是“反清复明”，所以花旗军虽然不是太平军嫡系，反清意志却比太平军还要坚韧。不要说花旗中那些有名的洪门人物了，就连广东天地会洪兵余孽、不太出名的花旗“副元帅”曾超，在天京被湘军攻陷后，为了掩护洪秀全之子、幼天王洪天贵福等洪氏亲眷顺利突围，率部分水军船只在长江上与湘军水师周旋，后被湘军彭玉麟部截获，惨遭凌迟处死。

这些花旗将领用鲜血和生命证明，饱受诟病的花旗虽然毛病很多，但绝不是“投机、叛徒集团”，他们虽被视作“杂牌太平军”，却是一群有始有终、有血性也有气节的反清志士。

这可能跟天地会“反清复明”的信念有关系。

对他们来说，“反清”是骨子里的东西，是他们几十年来一直坚持的理想。就算太平天国快完蛋了，他们也愿意为了这个信念继续打下去。这种对“反清”的执着，让他们在太平天国最困难的时候，依然能坚守阵地，展现出让人佩服的忠勇。

所以，这“花旗军”的故事挺有意思的。他们军纪差，欺负老百姓，名声不好，但打仗是真的猛，不怕死，宁死不降。这支队伍就像是太平天国里头的一股“清流”，虽然带着泥沙，但也有着一股子不屈不挠的劲儿。他们既是太平天国的助力，但也给太平天国带来了麻烦。最终，他们也随着太平天国的失败而消失在历史长河里。