在战斗都市篇之后，主角武藤游戏最终集齐了3张神之卡，准备在千年石板前开启自己的失去的记忆时，却被另外一种黑暗力量所妨碍。一万年前的超古代文明亚特兰蒂斯的王“达姿”，通过奥利哈刚的力量冰结了千年石板。同时达姿意图通过奥利哈刚的邪神彝的力量，毁灭掉精灵和人类的两个世界。而在连神之卡也臣服在奥利哈刚的邪恶力量的事实面前，最终游戏在黑魔导女孩和栗子球的帮助下，获得了能够与邪神相抗衡的无名之龙的力量。

根据黑魔导女孩的所言，在人类的世界之外，还存在着决斗精灵的世界。精灵的世界以人类的思念为基础构建，同时从侧面支撑着人类世界的存在。达姿的计划是通过奥利哈刚神的力量，先毁灭掉掉精灵的世界，同时引起人类世界的侧翻。而三条无名之龙是自古就保护着精灵世界的龙，但是因为在过去的战斗中用尽了力量，因此而陷入了沉睡。唯有真正的决斗者能够治愈这三条传说之龙身上的伤痕，重新唤醒它们的力量。

在三条冰封的无名之龙的身上，都插着一把用作封印的诅咒之剑。游戏与暗游戏合力，拔出了插在蒂迈欧眼睛上的诅咒之剑，解除了蒂迈欧身上的冰晶封印，重新唤醒了它。游戏也因此得到了无名之卡：提迈欧。之后达姿在得到三张神之卡之后，献祭了三幻神的力量，进一步增强了奥利哈刚神的力量。为了自己灭世的计划顺利进行，达姿意图使用蛇神彝的能力邪神之眼，先一步除掉无名的法老王。而在邪神之眼对武藤游戏发动攻击的时候，蒂迈欧现身抵挡了邪神之眼的攻击，并且击退了蛇神彝。

三条传说之龙与达姿的恩怨其实从一万年前就已经开始。当时的超古代文明亚特兰蒂斯，因为被奥利哈刚的邪恶力量所侵染，而导致了邪神彝的复苏。三条传说之龙为了守护精灵世界与邪神彝进行了战斗，在这场战斗中三条传说之龙重创了邪神的力量，但是自身也被邪神的信徒达姿的力量所诅咒。三柄诅咒之剑分别刺中了蒂迈欧的眼睛，赫谟的爪子和克里底亚的牙齿。由此三条传说之龙被封印，并且随着时间的流逝，而逐渐被人们遗忘了名字，成为了无名之龙。

只有被传说之龙所承认的决斗者——真正的决斗者——才能治愈龙的伤势，并且知道无名之龙的名字和其效果。动漫里传说之龙提迈欧选择了游戏，赫谟选择了城之内，克里底亚则是被海马唤醒。蒂迈欧之眼的能力是可以和怪兽融合成为龙骑士、赫谟之爪的能力是可以和怪兽融合成为特殊武器，克里提欧斯之牙的能力是可以和陷阱卡融合成为拥有陷阱效果的龙。而在此基础上，传说之龙本身也是一种诅咒。通过“传说之心”这张卡，三条传说之龙可以恢复其原本的骑士姿态。

在游戏与达姿的决斗中，达姿将胜负押在了攻击力无限大的蛇神彝身上，而游戏则是通过传说骑士克里底亚和赫谟的组合技，将二者的伤害量也提升到了无限大。最后通过传说骑士蒂迈欧的能力，将自身与克里底亚和赫谟融合，召唤出来了三体合一的传说骑士：合神龙 蒂迈欧，并用合神龙击败了蛇神彝。