南京大学在综合排名、学科实力、科研成果及师资力量等方面展现出显著优势，这些因素共同构成了其综合实力超越南开大学的基础。以下从四个维度展开分析：

南京大学在2025年校友会、软科等主流榜单中稳居全国前10名（第6-7名），而南开大学位列第9名。作为中国历史最悠久的顶尖综合性大学之一，南京大学起源于1902年的三江师范学堂，学术积淀深厚，长期位列“双一流”“985工程”“211工程”重点建设高校，其综合实力在全国范围内具有更高的认可度。

南京大学拥有16个“双一流”建设学科，涵盖文、理、工、医等多个领域，其中物理学、化学、天文学等学科进入ESI全球前1‰。2025年，南京大学科研团队在超大质量黑洞、引力子激发等领域取得突破性成果，两项成果入选“中国科学十大进展”。相比之下，南开大学虽在应用经济学、数学、化学等学科表现突出，但整体学科覆盖面和国际影响力略逊一筹。

南京大学拥有中国科学院院士31人、中国工程院院士4人，国家级领军人才近400人次，师资力量雄厚。其人才培养体系完整，本科毕业生升学率与深造率合计高达70.64%，许多学生进入清华大学、北京大学等顶尖高校深造。南开大学虽也有两院院士14人、国家级人才计划入选者200余人，但在高层次人才规模和毕业生深造质量上与南京大学存在差距。

南京大学拥有7个国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心等国家级科研平台，为科研创新提供了强有力的支撑。南开大学虽在科研成果上屡获殊荣（如技术发明特等奖），但整体科研平台规模和资源投入不及南京大学。